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日常業務として、食品衛生法により規格基準が設定されている化学物質の検査、化学性食中毒及び苦情食品の原因究明、違法な医薬品、化粧品等の摘発、県や国等と連携した調査研究を，室員４名で行っています。
現在行っている調査研究としては、魚介類の毒成分を研究することにより未然に食中毒を防ぐ海洋性自然毒調査研究、県民が環境ホルモン・農薬・重金属等を県内の食品からどれだけ摂取しているのかを継年的に検査している日常食からの汚染物一日摂取量調査（国等の共同研究）、日常摂取している添加物量を把握し、食品添加物を含む食品の安全性確保を目的とする調査研究（国等の共同研究）、健康志向の高まりの中で流通する薬用植物等の品質・活性成分のデータ情報の収集、県の基幹作物の模索として行った沖縄産柴胡の分析、平成９年４月１日から導入された業務管理基準（GLP）に基づく分析法の調査研究等があり、いずれも県民の社会的な関心やニーズを考慮したものとなっています。
これまでに行ってきた検査業務，調査研究については、所報・研修会・講習会等でデータを公表しており、行政機関への資料提供を通じて食品衛生の安全性の向上に貢献しています。
最近では高性能分析機器の整備「高速液体クロマトグラフ質量分析装置（LC-MS）、ガスクロマトグラフ質量分析装置（GC-MS）、ガスクロマトグラフマイクロ電子捕獲検出器（GC-μECD）等」やインターネットによる情報収集の迅速化が、多様化する食生活の中で起こる食中毒、苦情食品の原因究明に大きな役割を果たしています。
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